Alapítók és vezetők
A mikrobiológia önálló tantárggyá 1948-ban vált, és oktatását először Jeney Endre professzor, majd Kesztyüs Lóránd professzor végezte. 1951-től ismét Jeney Endre professzor vette át az oktatását az új Kórélettani és Mikrobiológiai Intézet épületében. Teljesen önállóvá 1958-tól vált a Mikrobiológiai Intézet Váczi Lajos egyetemi tanárrá, intézeti igazgatóvá való kinevezésével, majd 1987-től 2006-ig Gergely Lajos egyetemi tanár vette át az irányítást. A Debreceni Egyetem megalakulásakor a korábbi DOTE Mikrobiológiai Intézet neve Orvosi Mikrobiológiai Intézetté változott. Jelenleg Kónya József egyetemi tanár a kinevezett igazgató.
Szervezeti felépítés
1993-ban jelentősebb bővítésre nyílt lehetőség: a Bakteriológiai Diagnosztikai Részleg egyetlen helyiségből egy új épületbe költözött, ami lehetőséget biztosított a diagnosztikai tevékenység bővítésére. Vezetője Rozgonyi Ferenc egyetemi tanár volt, majd Szabó Béla egyetemi adjunktus. 2000-től Szabó Judit egyetemi docens irányítja a labor működését. 2007-ben a Mycobacterium Laboratórium (Koch Laboratórium) átvételével bővült az intézet diagnosztikai profilja. 2012-től ismét közös épületbe kerültek az intézet részlegei, a régi központi intézeti épület helyén épült In Vitro Diagnosztikai Tömb északi szárnyába.
A mikrobiológia 1947. december 31-ig nem volt külön tantárgy, oktatása a kórélettan keretében történt. Önálló kollégiummá 1948-ban vált és oktatását először Jeney Endre, a közegészségtan professzora, majd Kesztyűs Lóránd, a kórélettan professzora végezte. 1951-től ismét Jeney Endre vette át a mikrobiológia tanítását az akkor átadott, új Kórélettani és Mikrobiológiai Intézet épületében.
A Mikrobiológiai Intézet 1958. január 1-től vált teljesen önállóvá, amikor Váczi Lajost tanszékvezető egyetemi tanárrá, intézeti igazgatóvá nevezték ki.
Az Intézetben kezdetben a Sabin-féle poliomyelitis elleni védőoltás hatását tanulmányozták, majd elkezdődött az interferon-kutatás, vírusellenes hatóanyagok szűrése és a humán herpeszvírusok vizsgálata is. A virológiai kutatások fontos részét képezik a hatóanyag-vizsgálatok. Ennek keretében hozzájárultak a herpes simplex vírus elleni hazai hatóanyag kifejlesztéséhez. A bakteriológiai részleg kiemelt kutatási területe volt a kórokozók antibiotikum rezisztenciájának vizsgálata, ill. a bakteriális lipidek szerepe a rezisztenciában. A kutatási témák időközben a leukémiák oki tényezőinek kutatásával bővültek ki. A virális onkogének mellett a celluláris onkogének és tumorszuppresszor gének szerepének vizsgálata is folyik. A virológiai kutatások fő területe ma a humán papillomavírusok daganatkeltő hatásának, és a humán retrovírusok által okozott betegségek etiopatogenezisének tanulmányozása. Ezen belül intenzíven kutatják a kettős fertőzések szerepét a humán retrovírusok aktiválásában és vertikális átvitelében. További kutatási területek a humán herpeszvírus 8. típusának epidemiológiai vizsgálata, a polyomavírusok kórfolyamati szerepének vizsgálata, antifungális szerek hatékonyságának vizsgálata, valamint az antibiotikum fogyasztás és a bakteriális gének vizsgálata a rezisztens kórokozók által okozott fertőzésekben.