A Debreceni Egyetem Klinikai Központ Pathologiai Intézete (régi nevén Kórbonctani Intézet) 1921-ben létesült.
Első igazgatója Orsós Ferenc volt, aki egyben az egyetem Igazságügyi Orvostani Intézetét is vezette. Érdeklődése a tüdőpathologia, gerincbetegségek, daganatpathologia köré strukturálódott, illetve Orsós, akit a Magyar Tudományos Akadémia is tagjává választott. Volt az egyetem rektora és az orvoskar dékánja is. 14 évig volt intézetvezető.
Rövid átmeneti periódus után Borsos Nachtnébel Ödön került a vezetői székbe, mintegy 8 évre. Az oktatás és a rutin diagnosztikai munka mellett a neuropathologia, a vesepathologia és a daganatpathologia témakörében folytatott tudományos munkát.
Újabb rövid átmenet után (1947-ben) Kellner Béla lett az intézet új igazgatója. Intenzív kutatás kezdődött a daganatok progresszióját, a cytostaticumok hatását, a sebgyógyulás kérdéseit vizsgálták. Kellnert is tagjává választotta a Magyar Tudományos Akadémia.
Az intézet következő igazgatója Endes Pongrác lett (1954-1978), aki először a rutin diagnosztikus munka színvonalát emelte meg, majd a renin-angiotenzin rendszer morfológiájával (juxtaglomerularis apparatus, mellékvese kéreg) foglalkozó, nemzetközi ismertségre is szert tevő munkacsoportot szervezett. Endes megszerezte az Akadémiai Doktori fokozatot és megírta 5 kiadást megért és ma is klasszikusnak számító „Pathologia” című tankönyvét.
Endes utódja Gomba Szabolcs lett (1978-1998), aki az oktatás és rutin diagnosztika színvonalának őrzése mellett tovább vitte a renin-angiotensin rendszerre vonatkozó kutatásokat. Gomba dr. 6 évig volt az orvosegyetem oktatási rektorhelyettese.
A következő igazgató Nemes Zoltán (1998-2007), aki a nyirokcsomók pathologiája témakörből szerezte meg az Akadémiai Doktori fokozatot. Cytopathologiai diagnosztikus laboratóriumot létesített, valamint beállította a molekuláris pathologiai diagnosztikához szükséges methodikákat.
A Debreceni Egyetem Klinikai Központ Pathologiai Intézet igazgatója 2007. közepétől Méhes Gábor lett, akinek fő érdeklődési területe a hematológiai betegségek pathologiája és genetikai háttere, valamint a digitális képfeldolgozás szövettani alkalmazásai. Vezetése alatt megtörtént az immunhisztokémiai vizsgálatok automatizálása. 2011-től az Intézet 2. emeletén korszerű molekuláris patológiai laboratórium üzemel. 2014-ben online laboratóriumi irányítási rendszer került bevezetésre. 2016-ban Akadémiai Doktori fokozatot szerzett, majd 2017-ben egyetemi professzori kinevezésben részesült.