Klinikánkon 5 tudományos munkacsoport/kutatócsoport működik.
A Neurológiai Klinika és Tanszék tudományos munkája döntően az agyi érkatasztrófák (stroke) kialakulásának mechanizmusára, átvizsgálására, valamint kezelési lehetőségeinek kutatására irányul. Ezt részben a Csiba professzor úr és Fekete professzor úr által vezetett Stroke munkacsoport, valamint az eleinte Csiba professzor úr később Valikovics tanár úr, majd Oláh tanár úr vezetésével működő Neuroszonológiai munkacsoport segíti. A Stroke munkacsoport elsősorban a stroke betegek klinikai adatainak a feldolgozását végzi, a Neuroszonológiai munkacsoport pedig az agyi erek strukturális elváltozásait, ill. az agyi véráramlás élettanát és kórélettanát tanulmányozza. Ennek keretén belül az elmúlt években a Stroke munkacsoport a vérrögoldó kezelést és annak hatékonyságát, míg a Neuroszonológiai munkacsoport a különböző agyi aktivitás hatására kialakuló agyi véráramlás változásokat vizsgálta.
A Klinikai neurofizológiai és neuromuszkuláris munkacsoport tudományos tevékenysége elsősorban az epilepszia vizsgálatára fókuszál, de a korábban az izom és idegbetegségek terén folytatott kutatómunka ismét fellendülni látszik.
A Csépány tanárnő vezetésével működő Neuroimmunológiai munkacsoport a sclerosis multiplex és egyéb immunológiai hátterű ideggyógyászati betegségek klinikai kutatását végzi.
Az elmúlt években (2014 óta) a Nemzeti Agykutatási Projektnek köszönhetően az agykutatás hazánkban eddig nem látott lendületet kapott. Ennek keretén belül több munkacsoport kialakítására nyílt lehetőség. A Neurovaszkuláris munkacsoport a Neuroszonológiai munkacsoport keretén belül végzi tevékenységét, a Csiba professzor úr által vezetett MTA-DE Cerebrovascularis és Neurodegeneratív munkacsoport pedig önállóan működik, de szoros kapcsolatban áll mind a Stroke, mind a Neuroszonológiai munkacsoporttal.